Reagenti e kit per acidi nucleici
I reagenti per acidi nucleici coprono la catena che va dal campione biologico al dato: estrazione e purificazione di DNA genomico, plasmidi, RNA totale e microRNA; retrotrascrizione; amplificazione in PCR e qPCR; purificazione e selezione di taglia per NGS; elettroforesi su gel di agarosio. Nel catalogo CABRU la categoria conta 642 referenze: 337 di A&A Biotechnology, 122 della linea Molecular Biology di Condalab, 65 di Bioatlas, 57 di MAGBIO e 55 di Rovalab.
Come si sceglie il metodo di purificazione
Il metodo si sceglie sul campione e sul passo successivo, non sulla resa dichiarata. La colonna a silice lega gli acidi nucleici in alta concentrazione salina e li rilascia in tampone a bassa forza ionica: è pratica su pochi campioni e non richiede strumentazione. Le biglie paramagnetiche in chimica SPRI portano gruppi carbossilici e legano il DNA in presenza di polietilenglicole e sale; la separazione avviene con un magnete anziché per centrifugazione, il che le rende adatte all'automazione e più delicate sul DNA ad alto peso molecolare. Soprattutto, il rapporto fra volume di biglie e volume di campione governa la lunghezza minima dei frammenti trattenuti: è questo che consente la selezione di taglia nelle librerie NGS.
| Metodo | Principio | Punto di forza | Da tenere presente |
|---|---|---|---|
| Colonna a silice | Legame alla silice in alta concentrazione salina, lavaggio, eluizione | Pochi campioni, nessuno strumento dedicato | Richiede centrifuga; residui di etanolo inibiscono la PCR |
| Biglie magnetiche (SPRI) | Gruppi carbossilici con PEG e sale; il rapporto biglie/campione fissa la taglia | Automazione, alto numero di campioni, selezione di taglia | Serve un supporto magnetico; il rapporto va tarato |
| Precipitazione in fase liquida | Precipitazione con alcol e sale | Volumi grandi, costo per campione basso | Più passaggi manuali e più variabilità |
Che cosa copre ciascun produttore
La gamma A&A Biotechnology è la più larga sulla preparazione del campione: 72 referenze sono kit, 51 nominano il DNA, 36 l'RNA e 15 i plasmidi, con 35 riferimenti a PCR. MAGBIO lavora sul versante magnetico e sulla preparazione per il sequenziamento: 11 referenze sono classificate NGS, 9 estrazione di DNA/RNA virale e patogeno, 6 cfDNA, 6 gDNA, 4 sequenziamento e 4 estrazione di RNA. Rovalab copre l'amplificazione — 31 referenze sono mix pronte, 18 nucleotidi, 12 polimerasi Taq. Bioatlas affianca reagenti per PCR ed elettroforesi, incluse le alternative al bromuro di etidio per la colorazione del gel. Di Condalab, 75 delle 122 referenze di biologia molecolare sono agarosio.
Prima di ordinare
Con l'RNA il vincolo è la contaminazione da RNasi: consumabili dedicati, superfici pulite, campione stabilizzato subito dopo il prelievo. Con gli enzimi contano temperatura di conservazione e numero di cicli di scongelamento. Le referenze si consultano nel catalogo prodotti, filtrando per azienda oppure cercando per codice. Se la referenza cercata non compare, la richiesta viene girata ai produttori rappresentati.